Négy nukleinsav-amplifikációs vizsgálat elvégzése a SARS-COV-2 azonosítására Etiópiában

Köszönjük, hogy meglátogatta a nature.com webhelyet. Korlátozott CSS -támogatással rendelkező böngésző verziót használ. A legjobb élmény érdekében javasoljuk, hogy használjon frissített böngészőt (vagy tiltsa le a kompatibilitási módot az Internet Explorerben). Ezenkívül a folyamatos támogatás biztosítása érdekében a webhelyet stílusok és javascript nélkül mutatjuk be.
Megjelenik egy három diákból álló körhinta egyszerre. Használja az előző és a következő gombokat, hogy egyszerre három dián mozogjon, vagy a végén lévő csúszkabeNék segítségével egy időben három dián mozogjon.
A 2019-es koronavírus betegség (COVID-19) kitörése óta számos kereskedelmi nukleinsav-amplifikációs tesztet (NAAT) fejlesztettek ki a világ minden tájáról, és standard vizsgálatokká váltak. Noha számos tesztet gyorsan kifejlesztettek és alkalmaztak a laboratóriumi diagnosztikai tesztekre, ezeknek a teszteknek a teljesítményét nem értékelték különféle körülmények között. Ezért ez a tanulmány célja az Abbott SARS-COV-2, a Daan Gene, a BGI és a Sansure Biotech vizsgálatok teljesítményének értékelése a Composite Reference Standard (CRS) alkalmazásával. A tanulmányt az etióp közegészségügyi intézetben (EPHI) 2020. december 1–30 -ig végezték. 164 Nasopharyngeal mintákat extraháltunk a Qiaamp RNS Mini Kit és az Abbott DNS minta előkészítő rendszerével. A 164 mintából 59,1% volt pozitív, 40,9% negatív volt a CRS -re. A SANSURE biotechnológiai pozitivitása szignifikánsan alacsony volt a CRS -hez képest (P <0,05). A SANSURE biotechnológiai pozitivitása szignifikánsan alacsony volt a CRS -hez képest (P <0,05). Положителные резттаты szannsabiotech ыыи значително ниже по сравнению с crs (p <0,05). A Biotech pozitív eredményei a CRS -hez képest szignifikánsan alacsonyabbak voltak (P <0,05).与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低（ P <0,05）。与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低（ P <0,05）。 A szannsabiotech ыо значително менше положителных резттатов по сравнению с crs (p <0,05). A Sansure Biotech szignifikánsan kevesebb pozitív eredménye volt a CRS -hez képest (P <0,05).A négy elemzés általános megállapodása 96,3–100% volt a CRS -hez képest. A Sansure Biotech vizsgálat alacsony pozitivitási arányán kívül a négy vizsgálat teljesítménye majdnem összehasonlítható volt. Mint ilyen, a Sansure Biotech [csak kutatás (RUO)] vizsgálathoz további validálást igényel az Etiópiában történő felhasználásához. Végül, további kutatásokat kell figyelembe venni a vizsgálatok megfelelő gyártó követeléseivel rendelkező vizsgálatok értékeléséhez.
A laboratóriumi tesztelés az Egészségügyi Világszervezet (WHO) 2019. évi stratégiai tervének (COVID-19) felkészültségének és válaszának (SPRP) része. Aki azt tanácsolja, hogy az országoknak laboratóriumi kapacitást kell készíteniük a felkészültség, az esetkezelés, az éberség és a közegészségügyi kihívásokra való gyors reagálás javítása érdekében. Ez azt sugallja, hogy a laboratórium szerepe kulcsfontosságú a kialakuló fertőző ágensek betegségének és epidemiológiájának jellemzésében, valamint a terjedésük ellenőrzésében.
A COVID-19 diagnosztizálása epidemiológiai és orvosi információkat, személyes tüneteket/tüneteket, valamint radiográfiai és laboratóriumi adatokat igényel. Mivel a COVID-19 kitörésről beszámoltak a kínai Wuhanban, számos kereskedelmi nukleinsav-amplifikációs tesztet (NAAT) fejlesztettek ki szerte a világon. A valós idejű reverz transzkripciós polimeráz láncreakciót (RRT-PCR) alkalmazták rutin és standard módszerként a súlyos akut légzési szindróma (SARS-COV-2) 3 fertőzés laboratóriumi diagnosztizálására. A SARS-COV-2 molekuláris kimutatása általában az N (nukleokapsid protein gén), E (borítékfehérje gén) és RDRP (RNS-függő RNS-polimeráz gén) gének alapján az ORF1A/B-ben (1A/B nyitott leolvasási keret). A vírusgenomból azonosított gén) régió. Ezeket a vírusos genomokban a vírusfelismeréshez tartozó fő konzervált régióknak tekintik4. Ezen gének közül az RDRP és E gének nagy analitikai kimutatási érzékenységgel rendelkeznek, míg az N gén alacsony analitikai érzékenységgel rendelkezik5.
A PCR -vizsgálatok elvégzése különféle tényezőktől függően változhat, mint például: extrakciós reagensek, amplifikációs/detektálási reagensek, extrakciós módszer, a PCR -gép minősége és más műszerek. 2020 áprilisától kezdve kilenc országból több mint 48 különféle diagnosztikai eszköz kapott sürgősségi felhasználási engedélyt (EUA) a COVID-196 diagnosztikához. Etiópiában több mint 14 valós idejű PCR platformot használnak a SARS-COV-2 PCR-kimutatására 26 közegészségügyi intézménynél, köztük az ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 és Quant-Studio7. Ezenkívül különféle PCR-tesztkészletek állnak rendelkezésre, például a DAAN gén teszt, az Abbott SARS-COV-2 teszt, a Sansure Biotech Test és a SARS-COV-2 BGI-teszt. Noha az RRT-PCR nagyon érzékeny, egyes COVID-19-es betegek hamis negatív eredményeket jelentenek a vírusos ribonukleinsav (RNS) nem megfelelő másolatai miatt a mintákban a nem megfelelő gyűjtés, szállítás, tárolás és kezelési, valamint laboratóriumi vizsgálat miatt. A személyzet feltételei és intézkedései8. Ezenkívül a minta vagy a kontroll rossz kezelési, ciklusküszöb (CT) beállítása és a keresztreaktivitás más patogén nukleinsavakkal vagy inaktív/maradék SARS-COV-2 RNS-vel hamis pozitív eredményekhez vezethet RRT-PCR9 vizsgálatokban. Ezért egyértelmű, hogy a PCR -tesztek valóban azonosíthatják a génfragmensek hordozóit, mivel ezek nem képesek megkülönböztetni az igazán aktív vírusgének között, így a tesztek csak a hordozókat, nem pedig a betegeket azonosíthatják. Ezért fontos a diagnosztikai teljesítmény felmérése a beállításunkban standard módszerekkel. Noha sok NAAT reagens elérhető az etióp közegészségügyi intézetben (EPHI) és az egész országban, hatékonyságuk összehasonlító értékeléséről még nem számoltak be. Ezért ez a tanulmány célja a kereskedelemben kapható készletek összehasonlító teljesítményének felmérése a SARS-COV-2 RRT-PCR segítségével klinikai minták alkalmazásával.
Összesen 164 résztvevő, akiknek gyanúja volt a COVID-19, belefoglalta a tanulmányba. A minták többsége a kezelőközpontokból származik (118/164 = 72%), míg a fennmaradó 46 (28%) résztvevő nem kezelés nélküli központokból származik. A központban nem kezelt résztvevők közül 15 (9,1%) klinikailag gyanúsan gyanítottak, és 31 (18,9%) megerősített esetekkel kapcsolatba léptek. A kilencvenhárom (56,7%) résztvevő férfi volt, és a résztvevők átlagos (± SD) életkora 31,10 (± 11,82) év volt.
Ebben a tanulmányban meghatároztuk a COVID-19-re vonatkozó négy teszt pozitív és negatív arányát. Így az Abbott SARS-COV-2 vizsgálat pozitív aránya, a DAAN Gene 2019-NCOV-vizsgálat, a SARS-COV-2 BGI-vizsgálat és a Sansure Biotech 2019-NCOV vizsgálat 59,1%, 58,5%, 57,9% és 55,5% volt. A pozitív és negatív kompozit referencia -standard (CRS) pontszámok 97 (59,1%) és 67 (40,9%) voltak (1. táblázat). Ebben a tanulmányban a CRS meghatározása a „bármilyen pozitív” szabályon alapult, amelynek négy teszteredménye közül két vagy több teszteredmény, amelyek ugyanazt az eredményt adták, valódi pozitívnak vagy negatívnak tekintették.
Ebben a tanulmányban az összes elemzésnél 100% (95% CI 94,6–100) negatív százalékos megállapodást (NPA) találtunk. A Sansure Biotechnológiai Analízis minimális PPA-t mutatott, 93,8% (95% CI 87,2-97,1), és a DAAN 2019-NCOV elemzés teljes egyetértése 99,4% (95% CI 96,6-99,9). Ezzel szemben a SARS-COV-2 BGI vizsgálat és a Sansure Biotech 2019-NCOV vizsgálat közötti általános egyetértés 98,8%, illetve 96,3% volt (2. táblázat).
A Cohen Kappa egyetértési együtthatója a CRS és az Abbott SARS-COV-2 vizsgálati eredmények között teljesen következetes volt (k = 1,00). Hasonlóképpen, a Daan Gene 2019-NCOV, a SARS-COV-2 BGI és a Sansure Biotech 2019-NCOV által kimutatott Cohen Kappa-értékei szintén teljes mértékben összhangban állnak a CRS-vel (K ≥ 0,925). Ebben az összehasonlító elemzésben a chi-négyzet teszt (McNemar teszt) azt mutatta, hogy a Sansure Biotech 2019-NCOV vizsgálati eredményei szignifikánsan különböztek a CRS eredményeitől (p = 0,031) (2. táblázat).
Amint az ábrán látható.1 Az Abbott SARS-COV-2 vizsgálat (kombinált RDRP és N gén) legalacsonyabb CT-értékének (<20 ct) százalékos aránya 87,6% volt, és az ORF1A/B gén CT értéke a SANSURE BIOTECH 2019-NCOV-vizsgálatban azt mutatta, hogy az alacsony CT-érték (<20 CT) 50,3% volt, és a magas CT-érték (36–40 CT) volt. 1 Az Abbott SARS-COV-2 vizsgálat (kombinált RDRP és N gén) legalacsonyabb CT-értékének (<20 ct) százalékos aránya 87,6% volt, és az ORF1A/B gén CT értéke a SANSURE BIOTECH 2019-NCOV-vizsgálatban azt mutatta, hogy az alacsony CT-érték (<20 CT) 50,3% volt, és a magas CT-érték (36–40 CT) volt.Amint az ábrán látható.1, процент наименшего значения ct (<20 ct) анueза Abbott sars-cov-2 (коминированный ген rdrp и n) составил 87,6%, аначччччччч ген rdrp и n). ORF1A/B анализа Sansure Biotech 2019-NCOV показал ч прр процент ноого значения ct (<20 ct) составл 50 50,3%, а ыоои з з ы ы е з з з з з з з зчииииии и 40 ct). 3,2%. Az 1, az Abbott SARS-COV-2 (kombinált RDRP és N kombinált gén és N) legalacsonyabb CT-érték (<20 CT) elemzésének százalékos aránya 87,6%, és az ORF1A/B gén elemzésének CT-értéke a Sansure Biotech 2019-NCOV-ban azt mutatta, hogy az alacsony CT-érték (<20 CT) száma 50,3%-ra és magas CT-értékre számított (36–40 CT).如图 1 所示 ™ Abbott SARS-COV-2 检测（结合 RDRP 和 N 基因） 的最低 CT 值百分比（ <20 CT） 为 87,6%， SANSURE BIOTECH 2019-NCOV 检测的 ORF1A/B 基因 CT 值显示低 CT 值 (<20 CT) 的百分比为 50,3%， CT 值 (36–40 ct) Amint az az 1. ábrán látható, az Abbott SARS-COV-2 teszt (RDRP és N gén kombinációja) a legalacsonyabb CT-érték százaléka (<20 ct) 87,6%, az ORF1A/B gén CT értéke a SANSURE BIOTECH 2019-NCOV-tesztnél alacsony CT 值 (<20 CT) 的%. Как пазано на риснке 1, анализ Abbott sars-cov-2 (сочетающий гены rdrp и n) имел самам намое проценое значи самое намое проценое знач самое нам намое 87,6%, значение ct гена orf1a/b и иедании szanszure Biotech 2019- а п оазал низий ct. Amint az az 1. ábrán látható, az Abbott SARS-COV-2 vizsgálatnak (az RDRP és N géneket kombinálva) a legalacsonyabb a CT-érték (<20 CT) 87,6%-nál, míg az ORF1A/B gén CT-értéke a SANSURE BIOTECH 2019 tanulmányban-az NCOV elemzése alacsony CT-t mutatott. Процент значений (<20 ct) составил 50,3%, а п прент ыоких значений ct (36–40 ct) составил 3,2%. Az értékek százaléka (<20 ct) 50,3%, a magas CT -értékek (36–40 ct) százaléka 3,2%.Az Abbott SARS-COV-2 B teszt a CT értékeket 30 felett rögzítette. Másrészt a BGI SARS-COV-2 vizsgálat során az ORF1A/B gén magas CT-értéke (> 36 CT) 4% volt (1. ábra). Másrészt a BGI SARS-COV-2 vizsgálat során az ORF1A/B gén magas CT-értéke (> 36 CT) 4% volt (1. ábra). С д й й стороны, в а ализе bgi SARS-Cov-2 ген orf1a/b имел ыоок значение ct (> 36 ct), пент кот к кnk к к кnk коо коо к кnke. Másrészt a BGI SARS-COV-2 ORF1A/B gén elemzésében magas CT-értéke volt (> 36 CT), amelynek százaléka 4% volt (1. ábra).另一方面 ， 在 在 BGI SARS-COV-2 检测中 ， ORF1A/B 基因具有高 CT 值（> 36 CT） 的百分比为 4%（图 1 bel Másrészt, a BGI SARS-COV-2 detektálásában az ORF1A/B gén százaléka magas CT-értékkel (> 36 CT) 4% (1. ábra). С д й й стороны, в а нализе bgi sars-cov-2 процент генов orf1a/b с ыокими значенияи ct (> 36 ct) сосавил 4% (р (р. 1). Másrészt a BGI SARS-COV-2 elemzésben a magas CT-értékekkel rendelkező ORF1A/B gének százaléka 4% volt (1. ábra).
Ebben a tanulmányban 164 orrszarván mintát vettünk. Minden típusú vizsgálat esetén az RNS -izolációt és az amplifikációt az adott gyártók által javasolt módszerekkel és készletekkel végeztük.
Ez a tanulmány bebizonyította, hogy Abbott SARS-COV-2-es tesztje ugyanolyan detektálási teljesítményt mutat, mint a CRS, 100% -ban pozitív, negatív és általános egyeztetéssel. A Cohen Kappa -megállapodása 1,00, jelezve a CRS -vel való teljes megállapodást. Az Egyesült Államokban a washingtoni egyetem hasonló tanulmánya azt találta, hogy az Abbott-teszt általános érzékenysége és specifitása a SARS-COV-2-re 93%, illetve 100% volt, összehasonlítva a CDC laboratóriumi által meghatározott vizsgálatával (LDA). 11. Az Abbott SARS-COV-2 detektálási rendszer az N és az RDRP gének egyidejű kombinált detektálásán alapul, mivel mindkét gén érzékenyebb, minimalizálva a hamis negatívokat12. Egy Ausztria Bécsben végzett tanulmány azt is kimutatta, hogy a nagy extrakciós minta mennyisége és a detektálási eluens térfogata minimalizálta a hígítási hatásokat és a megnövekedett detektálási hatékonyságot13. Így az Abbott tökéletes illesztése a SARS-COV-2 vizsgálathoz társítható egy olyan platformdetektáló rendszerhez, amely egyidejűleg detektálja a kombinatorikus géneket, nagyszámú mintát (0,5 ml) kivon, és nagy mennyiségű eluent (40 µl) eluizlt használ.
Eredményeink azt is kimutatták, hogy a DAAN genetikai teszt detektálási teljesítménye majdnem megegyezett a CRS teljesítményével. Ez összhangban van egy tanulmányt, amelyet a kínai Huainanban, az Anhui Egyetemen végeztek, és a gyártó 100% -ban pozitív megállapodással rendelkezik. A következetes eredményekről szóló beszámolók ellenére az egyik minta hamis negatív volt az ugyanazon eluátum újbóli megismétlése után, de pozitív volt az Abbott SARS-COV-2 és a Sansure Biotech NCOV-2019 vizsgálatokban. Ez azt sugallja, hogy az eredményekben változékonyság lehet a különféle vizsgálatok során. Ennek ellenére a Kínában végzett vizsgálatban15 a DAAN gén vizsgálatának eredménye szignifikánsan különbözött (p <0,05) a laboratóriumi meghatározott referenciakézishez képest. Ennek ellenére a Kínában végzett vizsgálatban15 a DAAN gén vizsgálatának eredménye szignifikánsan különbözött (p <0,05) a laboratóriumi meghatározott referenciakézishez képest. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) от их лабораторнorke эталонного анализа. Ugyanakkor egy kínai tanulmányban15, a Daan Gene elemzési eredménye szignifikánsan különbözött (p <0,05) a laboratóriumi referencia -elemzésüktől.|然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0,05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались (p < 0,05) по сравнению с о эталоныы лабораторны тестом. A kínai15 -ös tanulmányban azonban a Daan genetikai teszt eredményei szignifikánsan különböztek (p <0,05) a referencia laboratóriumi teszthez képest.Ennek az eltérésnek az oka lehet, hogy a referencia-teszt érzékenysége a SARS-COV-2 kimutatására, és a további vizsgálatok fontos lehet az ok meghatározásához.
Ezenkívül tanulmányunk értékelte a SARS-COV-2 BGI vizsgálat összehasonlító teljesítményét a CRS-sel, kiváló pozitív százalékos megállapodást mutatva (PPA = 97,9%), negatív százalékos megállapodás (NPA = 100%) és a nemek közötti összeg (OPA) teljes százalékos megállapodásával. ). = 98,8%). Cohen kappa értékei jó egyezést mutattak (k = 0,975). A Hollandiában és Kínában15 tanulmányai15 -ben következetes eredményeket mutattak. A SARS-COV-2 BGI-teszt egyetlen gén (ORF1A/B) detektálási teszt 10 ul amplifikációs/detektálási eluálási felhasználással. Annak ellenére, hogy a referencia -eredményeinkkel jó statisztikai megegyezés van, az elemzés a teljes minta két pozitív mintáját (1,22%) elmulasztotta. Ennek óriási klinikai következményei lehetnek az átviteli dinamikára mind a beteg, mind a közösségi szinten.
Egy másik összehasonlító elemzés a tanulmányban a Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO) vizsgálat volt; A teljes mérkőzés százaléka 96,3%volt. A megállapodás erősségét a Cohen Kappa -értéke is meghatározta, amely 0,925 volt, jelezve a CRS -vel való teljes megállapodást. Eredményeink megint megegyeznek a Kínai Changsha Közép -Déli Egyetemen és a Liuzhou Népi Kórház Klinikai Laboratóriumi Osztályán, Liuzhou City, Kína Klinikai Laboratóriumában. Annak ellenére, hogy a fenti jó statisztikai konkordanciát rögzítették, a chi-négyzet teszt (Macnemar teszt) azt mutatta, hogy a szanszure biotechnológiai vizsgálat eredménye statisztikailag szignifikáns különbség volt a CRS-hez képest (P <0,005). Annak ellenére, hogy a fenti jó statisztikai konkordanciát rögzítették, a chi-négyzet teszt (Macnemar teszt) azt mutatta, hogy a szanszure biotechnológiai vizsgálat eredménye statisztikailag szignifikáns különbség volt a CRS-hez képest (P <0,005). Несотря на т, ччо ыо зафикировано уазанное ышороше статичесесое саттвállítási китииитbben (критерий макнемара) показал, ччо резттат анализа szanszsure Biotech имеет статисесизи сое р р п п п с с сmal снаюиии (счимо р пие со снесиagyarázható. 0,005). Noha a fenti jó statisztikai megállapodást rögzítették, a chi-négyzet teszt (McNemar teszt) azt mutatta, hogy a szanszure biotechnológiai vizsgálat eredménye statisztikailag szignifikáns különbség volt a CRS-hez képest (p <0,005).|尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， ， 但 检验 （（ （（ Macnemar 检验 表明 ， ， ， Sansure Biotech 检测 结果 与 crs 相比 具有 显着 （（ （（ （（ 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。）） bel Несотря на оеченное ыше хороше статистичесое сответсие, критема пададат (кат пака )а )а )а пkr п па )а )а )а )а )а )а пánk) статистичеси значимю р рзниц (p <0,005) меж анализом Sansure Biotech и CRS. A fent említett jó statisztikai megállapodás ellenére a chi-négyzet teszt (McNemar Test) statisztikailag szignifikáns különbséget mutatott (p <0,005) a szanszure biotechnológiai vizsgálat és a CRS között.Hat mintát (3,66%) hamis negatívnak találtak a CRS -hez képest (1. kiegészítő táblázat); Ez nagyon fontos, különös tekintettel a vírus átterjedésének dinamikájára. A fenti adatok alátámasztják ezt az alacsony kimutatási arányt15.
Ebben a tanulmányban a CT-értékeket minden vizsgálati és megfelelő platformon meghatároztuk, a legalacsonyabb átlagos CT-értékkel az Abbott SARS-COV-2 vizsgálatban. Ez az eredmény összefügghet Abbott egyidejű kombinált genetikai tesztelési rendszerével a SARS-COV-2 kimutatására. Ezért az 1. ábra szerint az Abbott SARS-COV-2 eredményeinek 87,6% -ának 20-30-as értéke volt a CT-értékek. A 30 feletti CT -értékeket nem rögzítették. Amellett, hogy Abbott a SARS-COV-2 panel genetikai tesztelési formátumát használja, ez az eredmény összefüggésben lehet az alsó detektálási határértékkel (32,5 RNS-példány/ml), amely háromszor alacsonyabb, mint a vállalat alsó határértéke 100 RNS-példány/ml. ml) 19.
Ennek a tanulmánynak néhány korlátozása van: Először is, nincsenek standard/referencia -módszerek [például vírusterhelés vagy más laboratóriumi tesztek (LDA)] az erőforrások hiánya miatt. Másodszor, az ebben a tanulmányban alkalmazott összes minta nasopharyngealis tampon volt, míg az eredmények nem voltak alkalmazhatók más mintákra, harmadik pedig a mintánk kicsi volt.
Ez a tanulmány összehasonlította a SARS-COV-2 négy RRT-PCR-vizsgálatának teljesítményét nasopharyngealis minták alkalmazásával. Az összes detektálási vizsgálat szinte összehasonlítható teljesítményt mutatott, kivéve a Sansure Biotech vizsgálatot. Ezenkívül az alacsony pozitivitási arányt azonosítottuk a Sansure Biotech vizsgálatban a CRS -hez képest (P <0,05). Ezenkívül az alacsony pozitivitási arányt azonosítottuk a Sansure Biotech vizsgálatban a CRS -hez képest (P <0,05). Кроме то о, в тесте Sansure Biotech ы ы ыен низий процент положителных резтттт п п снению с crs (p <0,05). Ezenkívül a Sansure Biotech teszt alacsony pozitív eredmények százalékát mutatta a CRS -hez képest (p <0,05).此外 ， 与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p <0,05)。此外 ， 与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p <0,05)。 Кроме то о, анализ Sansure Biotech имел более низий уровень положителных рез рттт п п снению с crs (p <0,05). Ezenkívül a Sansure Biotech vizsgálat alacsonyabb pozitivitási aránya volt a CRS -hez képest (P <0,05).A Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) elemzése a PPA, az NPA és az általános megállapodás meghaladta a 93,5% -ot, a Cohen Kappa szilárdságának 0,925-es szilárdságával. Végül, a Sansure Biotech Assay -t (RUO) további validálásra szorul Etiópiában, és további kutatásokat kell figyelembe venni az egyes gyártók igényeinek értékeléséhez.
Összehasonlító vizsgálati terveket végeztek az Addisz -Abeba négy egészségügyi intézményében, az Eka Kotebe Kórházban, a Millennium Egyházi Kezelő Központban, a Zewooditu Emlékkórházban és a Szent Péter -tuberkulózis -speciális kórházban. Az adatokat 2020. december 1. és 31. között gyűjtötték össze. A tanulmány orvosi létesítményeit célzottan választották meg a magas esetek száma és a városban a nagyobb kezelési központok rendelkezésre állása alapján. Hasonlóképpen, a hangszereket, beleértve az ABI 7500-at és az Abbott M2000 valós idejű PCR eszközöket, a NAAT reagensek gyártóinak ajánlásai szerint választották ki, és négy PCR-detektálási készletet választottak ki ehhez a tanulmányhoz, mivel az Etiópia legtöbb laboratóriuma legalább legalább négyet használt. Gene teszt, Abbott SARS-COV-2-teszt, szanszure biotechnológiai teszt és SARS-COV-2 BGI-teszt elvégezte a vizsgálat során).
A SARS-COV-2 tesztelését 2020. december 1–30-ig hajtottuk végre 3 ml vírusszállító táptalaj (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Kína) felhasználásával. Az orrszarvár mintákat képzett mintagyűjtők gyűjtötték össze, és hármas csomagokban küldték az EPHI -t. A nukleinsav izolálása előtt minden minta egyedi azonosító számot kap. Az extrahálást minden mintából azonnal végezzük, kézi és automatikus extrakciós módszerekkel. Így az Abbott M2000 automatikus extrahálásához 1,3 ml (beleértve a 0,8 ml holt térfogatot és 0,5 ml extraháló bemeneti térfogatot) mindegyik mintából kivontuk, és átjutottuk az Abbott DNS -minta előkészítő rendszerén (Abbott Molecular Inc. Des Plaines, IL, USA). ) Egy tétel 96 [92 mintát, két detektálási kontrollot és két nem-templomkontroll (NTC)] -ot vettünk be a SARS-COV-2 (EUA) két fordulójának teljes folyamatába (visszakeresésé és detektálásába) valós időben. bányászati. Hasonlóképpen, a kézi extraháláshoz használja ugyanazokat a mintákat (automatikus extrakcióhoz és felfedezéshez). Így a folyamat során 140 ul mintát alikvotáltak és extraháltak a Qiaamp vírus RNS Mini Kit (Qiagen GmbH, Hilden, Németország) alkalmazásával 24 tételben (beleértve 20 mintát, két vizsgálati kontrollot és két NTC -t) kilenc fordulóban. A manuálisan extrahált eluátumokat amplifikáltuk és detektáltuk ABI 7500 termikus cikler alkalmazásával SARS-COV-2 BGI vizsgálattal, DAAN génvizsgálat és Sansure Biotech Assay alkalmazásával.
A SARS-COV-2 vírusos RNS automatizált izolálása és tisztítása követi a mágneses gyöngy elvét az Abbott DNS minta előkészítő reagensek felhasználásával. A minták inaktiválását és a vírusrészecskék szolubilizálását guanidin -izotiocianátot tartalmazó mosószer alkalmazásával végezzük, hogy denurálják a fehérjét és inaktiválják az RNáz -t. Az RNS -t ezután szilárd fázis -elválasztással elválasztjuk a fehérjétől szilícium -dioxiddal, azaz a guanidinium -sóval és a lízispuffer lúgos pH -jával elősegíti a nukleinsavak kötődését a szilícium -dioxidhoz (SIO2). Az öblítő lépés eltávolítja a fennmaradó fehérjéket és törmeléket, hogy tiszta oldatot hozzon létre. A transzparens RNS-t a szilícium-dioxid-alapú mikrorészecskékből izoláljuk, a műszer mágneses mezőjével20,21. Másrészt az RNS kézi izolálását és tisztítását a centrifugálási oszlop módszerrel hajtjuk végre, mágneses állvány helyett centrifugálással és a mikrorészecskék elválasztásával az eluensből.
Az Abbott valós idejű SARS-COV-2 detektálási tesztet (Abbott Molecular, Inc.) a gyártó utasításainak megfelelően végeztük, amely az EUA19,22-et kapott a WHO-tól és az FDA-tól. Ebben a protokollban a minta inaktiválását az extrahálás előtt vízfürdőben végeztük 56 ° C -on 30 percig. A vírus inaktiválása után a nukleinsav -extrakciót egy Abbott M2000 SP műszeren végeztük 0,5 ml VTM -ből egy Abbott M2000 DNS minta előkészítő rendszerrel. A gyártó szerint. Az amplifikációt és a detektálást Abbott M2000 RT-PCR műszer alkalmazásával végeztük, és kettős detektálást végeztünk az RDRP és N génekre. Rox) és Vic P (védett festék) a belső kontrollok megcélzására és kimutatására, lehetővé téve mindkét amplifikációs termék egyidejű kimutatását 19.
A készlet amplifikációs detektálási módszere egylépéses RT-PCR technológián alapul. Az ORF1A/B és N géneket a DAAN gén technológiája választotta meg konzervált régióknak a cél régió amplifikációjának kimutatására. A specifikus primereket és a fluoreszcens szondákat (N génszondákat FAM, ORF1A/B szondákkal jelölték VIC-vel jelölve) úgy tervezték, hogy a SARS-COV-2 RNS-t mintákban kimutatja. A végső eluent és a mesterkeverékeket úgy állítottuk elő, hogy 5 ul eluent hozzáadva a 20 ul -t a fő keverékhez 25 ul végső térfogathoz. Az amplifikációt és a kimutatást egyidejűleg végeztük egy ABI 750024 valós idejű PCR eszközön.
Az ORF1A/B és N géneket a Sansure Biotech NCOV-2019 nukleinsav-diagnosztikai készlet (fluoreszcens PCR detektálás) alkalmazásával detektáltuk. Készítsen specifikus szondákat minden célgénhez az ORF1A/B régió és az N gén ROX csatornájának FAM -csatornájának kiválasztásával. Ehhez a vizsgálati készlethez az alábbiak szerint adják hozzá az eluens és a fő keverék reagenseit: Készítsen 30 ul Master Mix reagenst és 20 ul eluált mintát a detektálás/erősítéshez. Valós idejű PCR ABI 750025-et használtunk az amplifikációhoz/detektáláshoz.
A SARS-COV-2 BGI teszt egy fluoreszcens valós idejű RRT-PCR készlet a COVID-19 diagnosztizálására. A cél régió a SARS-COV-2 genom ORF1A/B régiójában található, amely egyetlen géndetektálási módszer. Ezenkívül a β-aktin emberi háztartási gén egy belsőleg szabályozott célgén. A fő keveréket úgy állítják elő, hogy 20 ul főzőlap reagens és 10 ul extrahált RNS -mintát keverünk egy kút tányérban26 -ban. Az amplifikációhoz és detektáláshoz ABI 7500 fluoreszcens kvantitatív valós idejű PCR műszert használtunk. Az összes nukleinsav -amplifikációt, a PCR futási körülményeit az egyes vizsgálatokhoz és az eredmények értelmezését a megfelelő gyártó utasításainak megfelelően hajtottuk végre (3. táblázat).
Ebben az összehasonlító elemzésben nem használtuk a referencia -standard módszert a százalékos megegyezés (pozitív, negatív és összességében) és más összehasonlító paraméterek meghatározására a négy elemzéshez. Mindegyik teszt összehasonlítását CRS -vel végeztük, ebben a tanulmányban a CRS -t a „bármilyen pozitív” szabály határozta meg, és az eredményt meghatározták, nem egyetlen teszttel, legalább két megfelelő teszt eredményt használtunk. Ezenkívül a COVID-19 átvitel esetén a hamis negatív eredmények veszélyesebbek, mint a hamis pozitív eredmények. Ezért ahhoz, hogy a CRS -eredményből a lehető legpontosabban a lehető legpontosabban mondjuk, legalább két vizsgálati tesztnek pozitívnak kell lennie, ami azt jelenti, hogy valószínűleg legalább egy pozitív eredmény az EUA vizsgálatból származik. Így a négy teszteredmény közül két vagy több teszteredményt, amelyek ugyanazt az eredményt adják, valódi pozitívnak vagy negatívnak tekintik18,27.
Az adatokat strukturált adatkitermelési űrlapok felhasználásával gyűjtöttük, az adatbevitelt és az elemzést az Excel Statisztikai Szoftver és az SPSS 23.0 verziójával végeztük a leíró statisztikákhoz. A pozitív, negatív és az általános százalékos megállapodást elemeztük, és kappa -pontszámot használtunk az egyes módszerek és a CRS -vel való megegyezés mértékének meghatározására. A kappa-értékeket az alábbiak szerint kell értelmezni: 0,01–0,20 enyhe megegyezés esetén, 0,21–0,40 az általános megállapodás esetén, 0,41-0,60 mérsékelt megállapodás esetén, 0,61-0,80 a jelentős megállapodáshoz és 0,81-0,99 a teljes megállapodáshoz28.
Az etikai engedélyt az Addisz -Abebai Egyetemen szerezték be, és az összes kísérleti protokollot az etióp közegészségügyi intézet tudományos etikai felülvizsgálati testülete hagyta jóvá. Az EPHI etikai engedély referenciaszáma az EPHI/IRB-279-2020. Az összes módszert az etióp nemzeti átfogó iránymutatások ajánlásainak és rendelkezéseinek megfelelően alkalmazták a COVID-19 kezelésére. Ezenkívül a tanulmányban való részvétel előtt minden tanulmány résztvevőjétől írásbeli tájékozott hozzájárulást szereztek.
A tanulmányban kapott vagy elemzett összes adatot a közzétett cikk tartalmazza. A tanulmány eredményeit alátámasztó adatok ésszerű kérés alapján a megfelelő szerzőtől állnak rendelkezésre.
Egészségügyi Világszervezet. Ajánlások a COVID-19 laboratóriumi tesztelési stratégiáira: Időközi útmutatás, 2020. március 21. Nem. WHO/2019-NCOV/LAB_TESTING/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. és Gourgoulianis, Ki Covid-19 intelligens diagnózis a sürgősségi osztályon: All-in a gyakorlatban. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. és Gourgoulianis, Ki Covid-19 intelligens diagnózis a sürgősségi osztályon: All-in a gyakorlatban.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. és Gurgulianis, a Covid-19 intelligens diagnosztizálása a sürgősségi osztályon: mindent a gyakorlatban.Muliou DS, Pantazopoulos I. és Gurgubenanis KI A COVID-19 intelligens diagnosztizálása a sürgősségi osztályokban: A gyakorlati integráció a gyakorlatban. Respire szakértő tiszteletes. gyógyszer. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. A COVID19 ID értékelése most EUA vizsgálat. Mitchell, SL & St George, K. A COVID19 ID értékelése most EUA vizsgálat.Mitchell, SL és St. George, K. A COVID19 ID értékelése most EUA vizsgálat.Mitchell SL és St. George K. A COVID19 ID értékelése most EUA vizsgálat. J. Clinical. Vírus. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. A 2019-es koronavírus betegség (COVID-19) laboratóriumi kimutatása gyanúsított emberi betegségben. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (elérhető 2020. augusztus 15-én) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. Covid-19 diagnózis: Betegségek és tesztelési eszközök. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. A Kelet-, Közép- és Dél -Afrika Patológusok Kollégiumának - a Közel -Kelet és Dél -Afrika Regionális Patológiai Iskolájának létrehozása. Afrika. J. Lab. gyógyszer. 9 (1), 1-8 (2020).
Etiópiai Közegészségügyi Intézet, Szövetségi Egészségügyi Minisztérium. Időközi nemzeti stratégia és útmutatás a COVID-19 laboratóriumi diagnosztizálására. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratory_diagnosis_eng.pdf (elérhető 2020. augusztus 12-én) (Ephi, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. és Kesselheim, mint hamis negatív tesztek a SARS-COV-2 fertőzés kihívásaira és következményeire. Woloshin, S., Patel, N. és Kesselheim, mint hamis negatív tesztek a SARS-COV-2 fertőzés kihívásaira és következményeire.Voloshin S., Patel N. és Kesselheim, mint a SARS-COV-2 fertőzések és azok következményeinek hamis-negatív tesztje.Voloshin S., Patel N. és Kesselheim, mint hamis-negatív tesztek a provokációra és a SARS-COV-2 fertőzés hatására. N. Eng. J. Medicine. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI hamis-pozitív és hamis-negatív Covid-19 esetek: Légzésmegelőzési és kezelési stratégiák, oltás és további perspektívák. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI hamis-pozitív és hamis-negatív Covid-19 esetek: Légzésmegelőzési és kezelési stratégiák, oltás és további perspektívák. Mouliou, ds & gourgoulianis, ki жожноположожителные и и л жнотрицателные чаи covid-19: ресиagyaráz лая пила сакака са са са а сénk вацинация и далнейшие персектиы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki hamis pozitív és hamis negatív esetek a COVID-19-ről: Légzésmegelőzési és kezelési stratégiák, oltás és az előrelépés.Muliu, DS és Gurgulianis, Ki a COVID-19 hamis pozitív és hamis-negatív esetei: Stratégiák a légzésmegelőzéshez és a kezeléshez, az oltáshoz és a továbblépéshez. Respire szakértő tiszteletes. gyógyszer. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. és Konstantinos, G. Covid-19 Diagnózis a sürgősségi osztályon: látva a fát, de elveszíti az erdőt. Mouliou, DS, Ioannis, P. és Konstantinos, G. Covid-19 Diagnózis a sürgősségi osztályon: látva a fát, de elveszíti az erdőt.Mouliou, DS, Ioannis, P. és Konstantinos, G. Covid-19 Diagnózis a sürgősségi osztályon: lásd a fát, elveszítse az erdőt.Muliou DS, Ioannis P. és Konstantinos G. Covid-19 diagnózis a mentőszobákban: nem elég erdő a fák számára. Megjelenik. gyógyszer. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Az Abbott Realtime SARS-COV-2 vizsgálat analitikai és klinikai teljesítményének validálása és validálása. J. Clinical. Vírus. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. és Aflatoonian, B. Összefoglaló öt primerkészlet a COVID-19 különböző genomrégiójából a vírusfertőzés kimutatására a hagyományos RT-PCR-rel. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. és Aflatoonian, B. A COVID-19 különböző genomrégiókból származó öt alapozókészlet összehasonlítása a vírusfertőzés kimutatására a hagyományos RT-PCR által.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. és Aflatunyan, B. A COVID-19 genom különböző régióiból származó öt primer-sorozat összehasonlítása a vírusfertőzés kimutatására a hagyományos RT-PCR-rel. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. és Aflatoonian, B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组 ， 用于通过常规 RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. és Aflatoonian, B. A COVID-19 5 különböző genetikai régiójának összehasonlítása a vírusfertőzés kimutatására a hagyományos RT-PCR-rel.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. és Aflatunyan B. A COVID-19 genom különböző régióinak öt primer-sorozatának összehasonlítása a vírusfertőzés kimutatására a hagyományos RT-PCR-rel.Irán. J. Mikrobiológia. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. A SARS-COV-2 genomszekvenciák kimutatására szolgáló nemzeti külső minőségi értékelési program előzetes eredményei. J. Clinical. Vírus. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Az öt RT-PCR-készlet hatékonyságának analitikai értékelése súlyos akut légzőszervi szindróma coronavírus 2. J. Klinikai. laboratórium. végbélnyílás. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. et al. Hét kereskedelemben kapható SARS-COV-2 RNS detektáló készlet értékelése Kínában valós idejű polimeráz láncreakció (PCR) alapján. klinikai. Kémiai. laboratórium. gyógyszer. 58 (9), E149 - E153 (2020).
Van Casteren, PB et al. Hét kereskedelmi RT-PCR COVID-19 diagnosztikai készlet összehasonlítása. J. Clinical. Vírus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Két PCR-készlet diagnosztikai teljesítményének összehasonlítása a SARS-COV-2 nukleinsavak kimutatására. J. Clinical. laboratórium. végbélnyílás. 34 (10), E23554 (2020).
Lefart, PR stb. Egy négy SARS-COV-2 nukleinsav-amplifikációs teszt (NAAT) platform összehasonlító vizsgálata azt mutatta, hogy az ID teljesítménye most szignifikánsan lebomlott a beteg és a minta típusa alapján. diagnózis. mikrobiológia. Megfertőzni. dissz. 99 (1), 115200 (2021).
Abbott molekula. Abbott valós idejű SARS-COV-2 elemzési csomag beszúrása. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/realtime-sars-cov-cov-2-assay. 1-12. (2020. augusztus 10 -én) (2020).
Klein, S. et al. SARS-COV-2 RNS izoláció mágneses gyöngyökkel, a gyors nagyszabású detektáláshoz RT-QPCR és RT-LAMP alkalmazásával. Vírus 12 (8), 863 (2020).