Négy nukleinsav-amplifikációs vizsgálat elvégzése a SARS-CoV-2 azonosítására Etiópiában

Köszönjük, hogy felkereste a Nature.com weboldalt. Ön korlátozott CSS-támogatású böngészőverziót használ. A legjobb élmény érdekében javasoljuk, hogy frissítse böngészőjét (vagy tiltsa le a kompatibilitási módot az Internet Explorerben). Ezenkívül a folyamatos támogatás biztosítása érdekében stílusok és JavaScript nélkül jelenítjük meg az oldalt.
Három diából álló forgószalagot jelenít meg egyszerre. Az Előző és Következő gombokkal egyszerre három dián, vagy a végén található csúszkagombokkal egyszerre három dián lapozhat.
A 2019-es koronavírus-betegség (COVID-19) kitörése óta számos kereskedelmi forgalomban kapható nukleinsav-amplifikációs tesztet (NAAT) fejlesztettek ki világszerte, és ezek standard vizsgálati eljárássá váltak. Bár számos tesztet gyorsan kifejlesztettek és alkalmaztak laboratóriumi diagnosztikai tesztekben, ezeknek a teszteknek a teljesítményét még nem értékelték különféle körülmények között. Ezért ez a tanulmány az Abbott SARS-CoV-2, a Daan Gene, a BGI és a Sansure Biotech vizsgálati módszerek teljesítményének értékelésére irányult a Kompozit Referencia Standard (CRS) alkalmazásával. A vizsgálatot az Etióp Közegészségügyi Intézetben (EPHI) végezték 2020. december 1. és 30. között. 164 nazofaringeális mintát vettek ki a QIAamp RNA mini kit és az Abbott DNS minta-előkészítő rendszer segítségével. A 164 minta 59,1%-a pozitív, 40,9%-a pedig negatív volt a CRS-re. A Sansure Biotech pozitivitás szignifikánsan alacsonyabb volt a CRS-hez képest (p < 0,05). A Sansure Biotech pozitivitás szignifikánsan alacsonyabb volt a CRS-hez képest (p < 0,05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). A Sansure Biotech pozitív eredményei szignifikánsan alacsonyabbak voltak a CRS-hez képest (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）.与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0,05）. У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). A Sansure Biotech szignifikánsan kevesebb pozitív eredményt mutatott a CRS-hez képest (p < 0,05).A négy elemzés összesített egyezése 96,3–100% volt a CRS-hez képest. A Sansure Biotech assay alacsony pozitivitási aránya mellett a négy assay teljesítménye is közel összehasonlítható volt. Mint ilyen, a Sansure Biotech [csak kutatási célú (RUO)] assay további validálást igényel az etiópiai használatához. Végül további kutatásokat kell fontolóra venni a vizsgálatok megfelelő gyártói állításokkal való értékeléséhez.
A laboratóriumi tesztelés az Egészségügyi Világszervezet (WHO) 2019-es koronavírus-betegségre (COVID-19) vonatkozó felkészültségi és reagálási (SPRP) stratégiai tervének részét képezi. A WHO azt tanácsolja, hogy az országoknak laboratóriumi kapacitást kell kiépíteniük a felkészültség, a megfelelő esetkezelés, az éberség és a közegészségügyi kihívásokra való gyors reagálás javítása érdekében. Ez arra utal, hogy a laboratórium szerepe kulcsfontosságú a betegség jellemzésében és az újonnan megjelenő fertőző ágensek epidemiológiájában, valamint terjedésük megfékezésében.
A COVID-19 diagnózisához epidemiológiai és orvosi információk, személyes tünetek/jelek, valamint radiológiai és laboratóriumi adatok szükségesek2. Amióta a COVID-19 járványt jelentették a kínai Vuhanban, számos kereskedelmi forgalomban kapható nukleinsav-amplifikációs tesztet (NAAT) fejlesztettek ki világszerte. A valós idejű reverz transzkripciós polimeráz láncreakciót (rRT-PCR) rutin és standard módszerként alkalmazzák a súlyos akut légzőszervi szindróma 2 (SARS-CoV-2)3 fertőzés laboratóriumi diagnosztizálására. A SARS-CoV-2 molekuláris kimutatása jellemzően az ORF1a/b (nyílt leolvasási keret 1a/b gén) régiójában található N (nukleokapszid fehérje gén), E (burokfehérje gén) és RdRp (RNS-függő RNS polimeráz gén) géneken alapul, amelyeket a vírusgenomból azonosítottak. Ezeket tekintik a vírusgenomokban található fő konzervált régióknak a vírusfelismerés szempontjából4. Ezen gének közül az RdRp és az E gének magas analitikai detektálási érzékenységgel rendelkeznek, míg az N gén alacsony analitikai érzékenységgel5.
A PCR-vizsgálatok teljesítménye számos tényezőtől függően változhat, mint például: extrakciós reagensek, amplifikációs/kimutatási reagensek, extrakciós módszer, a PCR-gép minősége és egyéb eszközök. 2020 áprilisától kilenc országból több mint 48 különböző diagnosztikai eszköz kapott sürgősségi használati engedélyt (EUA) COVID-196 diagnosztikára. Etiópiában több mint 14 valós idejű PCR platformot használnak a SARS-CoV-2 PCR-kimutatására 26 közegészségügyi intézményben, köztük az ABI 7500, az Abbott m2000, a Roche 48000 és a Quant-studio7. Ezenkívül különféle PCR-tesztkészletek is rendelkezésre állnak, például a Daan Gene teszt, az Abbott SARS-CoV-2 teszt, a Sansure Biotech teszt és a SARS-CoV-2 BGI teszt. Bár az rRT-PCR nagyon érzékeny, egyes COVID-19-ben szenvedő betegek álnegatív eredményeket mutatnak a mintákban lévő vírusos ribonukleinsav (RNS) elégtelen mennyisége miatt, ami a nem megfelelő gyűjtés, szállítás, tárolás és kezelés, valamint a laboratóriumi vizsgálatok körülményei és a személyzet intézkedései miatt következett be8. Ezenkívül a minta vagy a kontroll helytelen kezelése, a ciklusküszöb (Ct) beállítása, valamint más patogén nukleinsavakkal vagy inaktív/maradék SARS-CoV-2 RNS-sel való keresztreaktivitás álpozitív eredményekhez vezethet az rRT-PCR9 vizsgálatokban. Így egyértelmű, hogy a PCR-tesztek valóban képesek azonosítani a génfragmensek hordozóit, mivel még a valóban aktív virális gének között sem tudnak különbséget tenni, így a tesztek csak a hordozókat tudják azonosítani, a betegeket nem.10 Ezért fontos a diagnosztikai teljesítmény standard módszerekkel történő értékelése a mi környezetünkben. Bár számos NAAT reagens áll rendelkezésre az Etióp Közegészségügyi Intézetben (EPHI) és az egész országban, hatékonyságuk összehasonlító értékeléséről még nem számoltak be. Ezért ez a tanulmány a kereskedelmi forgalomban kapható SARS-CoV-2 rRT-PCR-rel történő kimutatására szolgáló készletek összehasonlító teljesítményének értékelését tűzte ki célul klinikai minták felhasználásával.
Összesen 164, COVID-19 gyanújával diagnosztizált résztvevőt vontak be ebbe a vizsgálatba. A minták többsége kezelőközpontokból származott (118/164 = 72%), míg a fennmaradó 46 (28%) résztvevő nem kezelőközpontokból. A központban nem kezelt résztvevők közül 15-nek (9,1%) volt klinikailag gyanús esete, és 31-nek (18,9%) volt kontaktja megerősített esettel. A résztvevők kilencvenhárom (56,7%) férfi volt, a résztvevők átlagéletkora (± SD) 31,10 (± 11,82) év volt.
Ebben a tanulmányban négy COVID-19 teszt pozitív és negatív arányát határozták meg. Így az Abbott SARS-CoV-2 assay, a Daan Gene 2019-nCoV assay, a SARS-CoV-2 BGI assay és a Sansure Biotech 2019-nCoV assay pozitív aránya rendre 59,1%, 58,5%, 57,9% és 55,5% volt. A pozitív és negatív összetett referencia standard (CRS) pontszám 97 (59,1%), illetve 67 (40,9%) volt (1. táblázat). Ebben a tanulmányban a CRS definíciója a „bármely pozitív” szabályon alapult, amely szerint négy teszteredmény közül kettő vagy több azonos eredményt adó teszteredményt tekintettek valódi pozitívnak vagy negatívnak.
Ebben a tanulmányban 100%-os negatív százalékos egyezést (NPA) találtunk (95%-os CI 94,6–100) az összes elemzés esetében a CRS-hez képest. A Sansure Biotechnology elemzése minimális PPA-t, 93,8%-ot mutatott (95%-os CI 87,2-97,1), a Daan Gene 2019-nCoV elemzés pedig 99,4%-os összesített egyezést mutatott (95%-os CI 96,6-99,9). Ezzel szemben a SARS-CoV-2 BGI assay és a Sansure Biotech 2019-nCoV assay közötti összesített egyezés 98,8%, illetve 96,3% volt (2. táblázat).
A CRS és az Abbott SARS-CoV-2 assay eredményei közötti Cohen-féle kappa egyezési együttható teljesen konzisztens volt (K = 1,00). Hasonlóképpen, a Daan Gene 2019-nCoV, a SARS-CoV-2 BGI és a Sansure Biotech 2019-nCoV által kimutatott Cohen-féle kappa értékek is teljes mértékben konzisztensek a CRS-sel (K ≥ 0,925). Ebben az összehasonlító elemzésben a chi-négyzet próba (McNemar-teszt) kimutatta, hogy a Sansure Biotech 2019-nCoV assay eredményei szignifikánsan eltértek a CRS eredményektől (p = 0,031) (2. táblázat).
Amint az ábrán látható.1. Az Abbott SARS-CoV-2 assay (RdRp és N gén kombinációja) legalacsonyabb Ct-értékének (< 20 Ct) százalékos aránya 87,6% volt, a Sansure Biotech 2019-nCoV assay ORF1a/b gén Ct-értéke pedig azt mutatta, hogy az alacsony Ct-érték (< 20 Ct) százalékos aránya 50,3%, a magas Ct-értéké (36–40 Ct) pedig 3,2% volt. 1. Az Abbott SARS-CoV-2 assay (RdRp és N gén kombinációja) legalacsonyabb Ct-értékének (< 20 Ct) százalékos aránya 87,6% volt, a Sansure Biotech 2019-nCoV assay ORF1a/b gén Ct-értéke pedig azt mutatta, hogy az alacsony Ct-érték (< 20 Ct) százalékos aránya 50,3%, a magas Ct-értéké (36–40 Ct) pedig 3,2% volt.Amint az ábrán látható.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, еаеначенач ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, а высое6–40t 3,2%-os tartalommal. 1. Az Abbott SARS-CoV-2 (RdRp és N gén kombinációja) legalacsonyabb Ct-értékű (< 20 Ct) tesztjének százalékos aránya 87,6% volt, míg a Sansure Biotech 2019-nCoV ORF1a/b génjének Ct-értékének elemzése azt mutatta, hogy az alacsony Ct-értékű (< 20 Ct) tesztek százalékos aránya 50,3%, a magas Ct-értékű (36–40 Ct) teszteké pedig 3,2% volt.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20 Ct. 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%，高Ct 值Ct(36)的百分比为3,2%. Amint az 1. ábrán látható, az Abbott SARS-CoV-2 teszt (RdRp és N gén kombinációja) legalacsonyabb Ct-értékének százalékos aránya (< 20 Ct) 87,6%, a Sansure Biotech 2019-nCoV teszt ORF1a/b gén Ct-értéke alacsony Ct-értéket mutat (< 20 Ct) 50,3%, a rövid Ct-érték (36–40 Ct) 3,2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал низкий Ct. Amint az 1. ábrán látható, az Abbott SARS-CoV-2 assay (az RdRp és az N géneket kombinálva) mutatta a legalacsonyabb Ct-értéket (< 20 Ct), 87,6%-ot, míg az ORF1a/b gén Ct-értéke a Sansure Biotech 2019-es tanulmányában – az nCoV elemzése alacsony Ct-értéket mutatott. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. Az értékek (< 20 Ct) aránya 50,3%, a magas Ct értékek (36–40 Ct) aránya pedig 3,2% volt.Az Abbott SARS-CoV-2 B teszt 30 feletti Ct-értékeket mutatott. Másrészt a BGI SARS-CoV-2 vizsgálaton az ORF1a/b gén magas Ct-értéket mutatott (> 36 Ct), a százalékos arány 4% volt (1. ábra). Másrészt a BGI SARS-CoV-2 vizsgálaton az ORF1a/b gén magas Ct-értéket mutatott (> 36 Ct), a százalékos arány 4% volt (1. ábra). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого составрия. Másrészt a BGI SARS-CoV-2 gén ORF1a/b magas Ct-értéket mutatott (> 36 Ct), amelynek százalékos aránya 4% volt (1. ábra).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比为 Másrészről a BGI SARS-CoV-2 kimutatása során az ORF1a/b gén magas Ct-értékű (>36 Ct) százalékos aránya 4% (1. ábra). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 4% (рис.). Másrészt a BGI SARS-CoV-2 elemzésben a magas Ct-értékű (>36 Ct) ORF1a/b gének százalékos aránya 4% volt (1. ábra).
Ebben a vizsgálatban 164 orrgarati mintát vettünk. Minden vizsgálati típus esetében az RNS izolálását és amplifikációját a megfelelő gyártók által ajánlott módszerekkel és kitekkel végeztük.
Ez a tanulmány kimutatta, hogy az Abbott SARS-CoV-2 tesztjének kimutatási teljesítménye megegyezik a CRS-ével, 100%-os pozitív, negatív és összesített egyezéssel. A Cohen-féle kappa-egyezés 1,00, ami teljes egyezést jelez a CRS-sel. Az Egyesült Államokban a Washingtoni Egyetem által végzett hasonló tanulmány megállapította, hogy az Abbott SARS-CoV-2 tesztjének teljes érzékenysége és specificitása 93%, illetve 100% volt a CDC laboratóriumban meghatározott vizsgálatához (LDA) képest. 11. Az Abbott SARS-CoV-2 kimutatási rendszere az N és az RdRp gének egyidejű kombinált kimutatásán alapul, mivel mindkét gén érzékenyebb, minimalizálva a téves negatív eredményeket. 12 Egy Bécsben, Ausztriában végzett tanulmány azt is kimutatta, hogy a nagy extrakciós mintatérfogatok és a kimutatási eluens térfogatok minimalizálták a hígítási hatásokat és növelték a kimutatási hatékonyságot. 13 Így az Abbott SARS-CoV-2 vizsgálathoz tökéletesen illeszkedő szekvenciája egy olyan platform-kimutatási rendszerrel társítható, amely egyszerre detektálja a kombinatorikus géneket, nagyszámú mintát (0,5 ml) extrahál, és nagy mennyiségű eluenst (40 µl) használ.
Eredményeink azt is kimutatták, hogy a Daan genetikai teszt kimutatási teljesítménye majdnem megegyezett a CRS-ével. Ez összhangban van a kínai Huainanban található Anhui Egyetemen végzett tanulmánnyal14, valamint a gyártó 100%-os pozitív egyezésre vonatkozó állításával. A következetes eredményekről szóló jelentések ellenére az egyik minta álnegatív volt ugyanazon eluátum ismételt tesztelése után, de pozitív volt az Abbott SARS-CoV-2 és a Sansure Biotech nCoV-2019 vizsgálatokban. Ez arra utal, hogy a különböző típusú vizsgálatok eredményei eltérőek lehetnek. Mindazonáltal a Kínában végzett tanulmányban15 a Daan Gene assay eredménye szignifikánsan eltért (p < 0,05) a laboratóriumban meghatározott referencia assay-hez képest. Mindazonáltal a Kínában végzett tanulmányban15 a Daan Gene assay eredménye szignifikánsan eltért (p < 0,05) a laboratóriumban meghatározott referencia assay-hez képest. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) эталонного анализа. Egy Kínában végzett tanulmányban15 azonban a Daan Gene elemzési eredménye szignifikánsan eltért (p < 0,05) a laboratóriumi referenciaelemzésüktől.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0,05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0,05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались < он0,05p) его эталонным лабораторным тестом. Egy Kínában végzett tanulmányban15 azonban a Daan genetikai tesztjének eredményei szignifikánsan eltértek (p < 0,05) a referencia laboratóriumi teszthez képest.Ez az eltérés a SARS-CoV-2 kimutatására szolgáló referenciateszt érzékenységének tudható be, és további vizsgálatokra lehet szükség az ok meghatározásához.
Ezenkívül tanulmányunkban a SARS-CoV-2 BGI teszt összehasonlító teljesítményét értékeltük a CRS-sel, kiváló pozitív százalékos egyezést (PPA = 97,9%), negatív százalékos egyezést (NPA = 100%) és nemenkénti teljes százalékos egyezést (OPA) mutattunk ki. ). = 98,8%). A Cohen-féle Kappa-értékek jó egyezést mutattak (K = 0,975). A hollandiai16 és kínai15 vizsgálatok konzisztens eredményeket mutattak. A SARS-CoV-2 BGI teszt egy gén (ORF1a/b) kimutatására szolgáló teszt, amely 10 µl amplifikációs/kimutatási eluátumot használ. A referenciaeredményeinkkel való jó statisztikai egyezés ellenére az elemzés két pozitív mintát (1,22%) nem vett ki a teljes mintából. Ennek óriási klinikai következményei lehetnek az átviteli dinamikára nézve mind a beteg, mind a közösség szintjén.
Egy másik összehasonlító elemzés, amelyet a tanulmányban alkalmaztunk, a Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) assay volt; az összesített egyezési százalék 96,3% volt. Az egyezés erősségét a Cohen-féle Kappa-érték is meghatározta, amely 0,925 volt, ami teljes egyezést jelez a CRS-sel. Eredményeink ismét megegyeznek a kínai Changsha-i Central South University-n és a kínai Liuzhou város Liuzhou Népi Kórház Klinikai Laboratóriumi Osztályán végzett vizsgálatokkal17. Habár a fenti jó statisztikai egyezést sikerült elérni, a chi-négyzet próba (MacNemar-próba) kimutatta, hogy a Sansure Biotech assay eredménye statisztikailag szignifikáns különbséget mutatott a CRS-hez képest (p < 0,005). Habár a fenti jó statisztikai egyezést sikerült elérni, a chi-négyzet próba (MacNemar-próba) kimutatta, hogy a Sansure Biotech assay eredménye statisztikailag szignifikáns különbséget mutatott a CRS-hez képest (p < 0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-крийтрийкрий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению < с0,00p5. Bár a fenti jó statisztikai egyezést regisztrálták, a chi-négyzet próba (McNemar-teszt) kimutatta, hogy a Sansure Biotech assay eredménye statisztikailag szignifikáns különbséget mutatott a CRS-hez képest (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，RSSansure Biotech.相比具有统计学显着差异（p < 0,005）.尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 棵tech 朞狌 棋 sure （与 crs 相比 具有 显着 （(p <0,005。。。。。。。。。。。。。。。。。）。。。（（（（（（（ Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнпема) статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech és CRS. A fent említett jó statisztikai egyezés ellenére a chi-négyzet próba (McNemar-teszt) statisztikailag szignifikáns különbséget mutatott (p < 0,005) a Sansure Biotech assay és a CRS között.Hat minta (3,66%) bizonyult álnegatívnak a CRS-hez képest (1. kiegészítő táblázat); ez nagyon fontos, különösen a vírus terjedésének dinamikáját tekintve. A fenti adatok is alátámasztják ezt az alacsony kimutatási arányt15.
Ebben a tanulmányban minden egyes vizsgálathoz és platformhoz meghatározták a Ct-értékeket, a legalacsonyabb átlagos Ct-értéket az Abbott SARS-CoV-2 vizsgálatban jelentették. Ez az eredmény összefüggésben lehet az Abbott SARS-CoV-2 kimutatására szolgáló egyidejű kombinált genetikai tesztrendszerével. Ezért az 1. ábra szerint az Abbott SARS-CoV-2 eredmények 87,6%-ában volt 20 alatti Ct-érték. Csak kis számú mintaeredmény (12,4%) volt a 20-30 tartományban. A 30 feletti Ct-értékeket nem rögzítették. Az Abbott SARS-CoV-2 panel genetikai tesztelési formátumának használata mellett ez az eredmény összefüggésben lehet az alsó kimutatási határral (32,5 RNS-kópia/ml)18, amely háromszor alacsonyabb, mint a vállalat által meghatározott 100 RNS-kópia/ml alsó határérték (ml)19.
Ennek a tanulmánynak vannak korlátai: először is, az erőforrások hiánya miatt nincsenek standard/referencia módszereink [például vírusterhelés vagy egyéb laboratóriumi vizsgálatok (LDA)]. Másodszor, a vizsgálatban felhasznált összes minta nazofaringeális törlőkendő volt, míg az eredmények nem voltak alkalmazhatók más mintatípusokra, harmadszor pedig, a minta mérete kicsi volt.
Ez a tanulmány négy rRT-PCR SARS-CoV-2 assay teljesítményét hasonlította össze nazofaringeális minták felhasználásával. A Sansure Biotech assay kivételével az összes kimutatási assay teljesítménye közel azonos volt. Ezenkívül a Sansure Biotech assay-ben alacsony pozitivitási arányt azonosítottak a CRS-hez képest (p < 0,05). Ezenkívül a Sansure Biotech assay-ben alacsony pozitivitási arányt azonosítottak a CRS-hez képest (p < 0,05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Ezenkívül a Sansure Biotech teszt alacsony százalékos pozitív eredményt mutatott a CRS-hez képest (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0,05). Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Ezenkívül a Sansure Biotech assay alacsonyabb pozitivitási arányt mutatott a CRS-hez képest (p < 0,05).A Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) tesztben a PPA, az NPA és az összesített egyezés elemzése meghaladta a 93,5%-ot, a Cohen-féle Kappa-érték pedig 0,925-nek adódott. Végül a Sansure Biotech Assay (RUO) etiópiai használatához további validálásra van szükség, és további kutatásokat kell fontolóra venni az egyes gyártók állításainak értékeléséhez.
Összehasonlító vizsgálatot végeztek négy egészségügyi intézményben Addisz-Abebában: az Eka Kotebe Kórházban, a Millennium Church Treatment Centre-ben, a Zewooditu Memorial Kórházban és a St. Peter's Tuberculosis Specialist Kórházban. Az adatokat 2020. december 1. és 31. között gyűjtötték. A vizsgálathoz használt egészségügyi intézményeket célzottan választották ki a magas esetszám és a városban található főbb kezelőközpontok elérhetősége alapján. Hasonlóképpen, a műszereket, köztük az ABI 7500 és az Abbott m2000 valós idejű PCR műszereket, a NAAT reagensgyártók ajánlásai szerint választották ki, és négy PCR detektáló készletet választottak ki a vizsgálathoz, mivel Etiópiában a legtöbb laboratórium legalább négyet használt ezek közül. Génteszt, Abbott SARS-CoV-2 teszt, Sansure Biotech teszt és SARS-CoV-2 BGI teszt (a vizsgálat során elvégezték).
A SARS-CoV-2 tesztelését 2020. december 1. és 30. között végezték 3 ml Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Kína) segítségével a COVID-19 miatt vizsgálat alatt álló, EPHI-be utalt személyeken. Az orrgarati mintákat képzett mintavevők gyűjtötték, és hármas csomagokban küldték az EPHI-ba. A nukleinsav-izolálás előtt minden mintához egyedi azonosító számot rendeltek. Az extrakciót minden mintából közvetlenül a beérkezés után elvégezték manuális és automatikus extrakciós módszerekkel. Így az Abbott m2000 automatikus extrakciójához minden mintából 1,3 ml mintát (beleértve a 0,8 ml holt térfogatot és a 0,5 ml extrakciós bemeneti térfogatot) vettek ki, és átengedték az Abbott DNS mintaelőkészítő rendszeren (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, USA). ) Egy 96 mintából álló tételt [92 minta, két kimutatási kontroll és két nem templát kontroll (NTC)] vettek részt a SARS-CoV-2 (EUA) két valós idejű bányászatának teljes folyamatában (visszakeresés és kimutatás). Hasonlóképpen, a manuális extrakcióhoz ugyanazokat a mintákat használták (az automatikus extrakcióhoz és felderítéshez). Így a folyamat során 140 µl mintákat osztottak szét és extraháltak a QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Németország) segítségével 24 darabos tételekben (köztük 20 minta, két vizsgálati kontroll és két NTC) kilenc körben. A manuálisan extrahált eluátumokat amplifikálták és detektálták ABI 7500 hőciklerrel SARS-CoV-2 BGI assay, Daan Gene assay és Sansure Biotech assay segítségével.
A SARS-CoV-2 vírus RNS automatizált izolálása és tisztítása a mágneses gyöngy elvét követi, Abbott DNS minta-előkészítő reagenseket használva. A minták inaktiválását és a vírusrészecskék szolubilizálását guanidin-izotiocianátot tartalmazó detergenssel végzik, hogy denaturálják a fehérjét és inaktiválják az RNázt. Az RNS-t ezután szilárd fázisú elválasztással választják el a fehérjétől szilícium-dioxid segítségével, azaz a guanidiumsó és a lízispuffer lúgos pH-ja elősegíti a nukleinsavak kötődését a szilícium-dioxidhoz (SiO2). Az öblítési lépés eltávolítja a maradék fehérjéket és törmelékeket, így tiszta oldatot kapnak. Az átlátszó RNS-t a szilícium-dioxid alapú mikrorészecskékből a műszer mágneses mezőjével izolálják20,21. Másrészt az RNS manuális izolálását és tisztítását spin oszlop módszerrel végzik centrifugálással mágneses állvány helyett, és a mikrorészecskéket elválasztják az eluenstől.
Az Abbott valós idejű SARS-CoV-2 kimutatási tesztet (Abbott Molecular, Inc.) a gyártó utasításai szerint végezték, amelyhez a WHO és az FDA EUA19,22 engedélyt kapott. Ebben a protokollban a minta inaktiválását az extrakció előtt 56 °C-os vízfürdőben végezték 30 percig. A vírus inaktiválása után a nukleinsav-extrakciót Abbott m2000 SP készülékkel végezték 0,5 ml VTM-ből, Abbott m2000 DNS minta-előkészítő rendszer segítségével, a gyártó utasításai szerint. Az amplifikációt és a detektálást Abbott m2000 RT-PCR készülékkel végezték, és kettős detektálást végeztek az RdRp és N gének esetében. A belső kontrollok célzására és detektálására ROX) és VIC P (szabadalmaztatott festék) festéket használtak, lehetővé téve mindkét amplifikációs termék egyidejű detektálását 19.
A készlet amplifikációs detektálási módszere egylépéses RT-PCR technológián alapul. Az ORF1a/b és N géneket a Daan Gene Technology konzervált régióként választotta ki a célrégió amplifikációjának kimutatására. Specifikus primereket és fluoreszcens próbákat (FAM-mal jelölt N gén próbák, VIC-vel jelölt ORF1a/b próbák) terveztek a SARS-CoV-2 RNS mintákban történő kimutatására. A végső eluenst és a masterkeverékeket úgy készítették el, hogy 5 µl eluenst adtak 20 µl masterkeverékhez, 25 µl végső térfogatra. Az amplifikációt és a detektálást egyidejűleg végezték egy ABI 750024 valós idejű PCR készüléken.
Az ORF1a/b és N géneket a Sansure Biotech nCoV-2019 nukleinsav-diagnosztikai készlettel (fluoreszcens PCR-detektálás) detektáltuk. Minden célgénhez specifikus próbákat készítettünk elő az ORF1a/b régió FAM-csatornájának és az N gén ROX-csatornájának kiválasztásával. Az assay-készlethez az eluenst és a mastermix reagenseket a következőképpen adtuk hozzá: készítsünk elő 30 µl mastermix reagenst és 20 µl eluált mintát a detektáláshoz/amplifikáláshoz. Az amplifikáláshoz/detektáláshoz valós idejű PCR ABI 750025-öt használtunk.
A SARS-CoV-2 BGI teszt egy fluoreszcens valós idejű rRT-PCR készlet a COVID-19 diagnosztizálására. A célrégió a SARS-CoV-2 genom ORF1a/b régiójában található, ami egyetlen gén kimutatására szolgáló módszer. Ezenkívül az emberi háztartási gén, a β-aktin is egy belsőleg szabályozott célgén. A master mixet úgy készítik el, hogy 20 µl master mix reagenst és 10 µl extrahált RNS mintát összekevernek egy kútlemezen26. Az amplifikációhoz és a detektáláshoz ABI 7500 fluoreszcens kvantitatív valós idejű PCR készüléket használtak. Minden nukleinsav-amplifikációt, az egyes vizsgálatok PCR-futtatási körülményeit és az eredmények értelmezését a vonatkozó gyártók utasításai szerint végezték (3. táblázat).
Ebben az összehasonlító elemzésben nem a referencia standard módszert alkalmaztuk a négy elemzés százalékos egyezésének (pozitív, negatív és összesített) és egyéb összehasonlítási paramétereinek meghatározásához. Minden tesztösszehasonlítást CRS-sel végeztünk, ebben a vizsgálatban a CRS-t a „bármely pozitív” szabály állítottuk be, és az eredményt nem egyetlen teszt határozta meg, hanem legalább két egyező teszteredményt használtunk. Ezenkívül a COVID-19 átvitele esetén az álnegatív eredmények veszélyesebbek, mint az álpozitív eredmények. Ezért ahhoz, hogy egy CRS-eredményből a lehető legpontosabban „pozitívat” mondjunk, legalább két tesztnek pozitívnak kell lennie, ami azt jelenti, hogy legalább egy pozitív eredmény valószínűleg egy EUA tesztből származik. Így négy teszteredmény közül kettő vagy több, azonos eredményt adó teszteredményt tekintünk valódi pozitívnak vagy negatívnak18,27.
Az adatokat strukturált adatkivonási űrlapok segítségével gyűjtöttük, az adatbevitelt és az elemzést Excel statisztikai szoftverrel, valamint SPSS 23.0 verziójú leíró statisztikával végeztük. Pozitív, negatív és összesített százalékos egyezést elemeztünk, és Kappa-pontszámot használtunk az egyes módszerek CRS-sel való egyezésének mértékének meghatározására. A Kappa-értékeket a következőképpen értelmeztük: 0,01–0,20 enyhe egyezés, 0,21–0,40 általános egyezés, 0,41–0,60 közepes egyezés, 0,61–0,80 jelentős egyezés és 0,81–0,99 teljes egyezés28.
Az etikai engedélyt az Addisz-Abebai Egyetemtől szereztük be, és a vizsgálathoz tartozó összes kísérleti protokollt jóváhagyta az Etióp Közegészségügyi Intézet Tudományos Etikai Felülvizsgálati Testülete. Az EPHI Etikai Licenc referenciaszáma EPHI/IRB-279-2020. Minden módszert az Etióp Nemzeti Átfogó COVID-19 Kezelési Irányelvek ajánlásainak és rendelkezéseinek megfelelően alkalmaztunk. Ezenkívül a vizsgálatban való részvétel előtt minden résztvevőtől írásbeli tájékoztatáson alapuló beleegyező nyilatkozatot szereztünk be.
A tanulmányban szerzett vagy elemzett összes adat szerepel ebben a publikált cikkben. A tanulmány eredményeit alátámasztó adatok kérésre a megfelelő szerzőktől elérhetők.
Egészségügyi Világszervezet. Ajánlások a COVID-19 laboratóriumi tesztelési stratégiáira: Ideiglenes útmutató, 2020. március 21., WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 szám (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. és Gourgoulianis, KI COVID-19 intelligens diagnosztika a sürgősségi osztályon: Mindent egybevetve a gyakorlatban. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. és Gourgoulianis, KI COVID-19 intelligens diagnosztika a sürgősségi osztályon: Mindent egybevetve a gyakorlatban.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. és Gurgulianis, KI A COVID-19 intelligens diagnosztizálása a sürgősségi osztályon: minden a gyakorlatban.Muliou DS, Pantazopoulos I. és Gurgulyanis KI A COVID-19 intelligens diagnosztizálása a sürgősségi osztályokon: teljes körű integráció a gyakorlatban. Expert Reverend Respire. medicine. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL és St George, K. A COVID19 ID NOW EUA teszt értékelése. Mitchell, SL és St George, K. A COVID19 ID NOW EUA teszt értékelése.Mitchell, SL és St. George, K. A COVID19 ID NOW EUA assay értékelése.Mitchell SL és St. George K. A COVID19 ID NOW EUA assay értékelése. J. Clinical. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. A 2019-es koronavírus betegség (COVID-19) laboratóriumi kimutatása feltételezett emberi betegségekben. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (Hozzáférés: 2020. augusztus 15.) (WHO, 2020).
Udugama, B. és munkatársai. COVID-19 diagnózis: betegségek és tesztelőeszközök. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. és munkatársai. A Kelet-, Közép- és Dél-afrikai Patológusok Kollégiumának megalapítása – Közel-Kelet és Dél-Afrika Regionális Patológiai Iskolája. Afrika. J. Lab. medicine. 9(1), 1-8 (2020).
Etióp Közegészségügyi Intézet, Szövetségi Egészségügyi Minisztérium. Ideiglenes nemzeti stratégia és útmutató a COVID-19 laboratóriumi diagnosztikájához. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (Hozzáférés: 2020. augusztus 12.) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. és Kesselheim, AS. A SARS-CoV-2 fertőzésre vonatkozó álnegatív tesztek kihívásai és következményei. Woloshin, S., Patel, N. és Kesselheim, AS. A SARS-CoV-2 fertőzésre vonatkozó álnegatív tesztek kihívásai és következményei.Voloshin S., Patel N. és Kesselheim AS. A SARS-CoV-2 fertőzésekre vonatkozó álnegatív tesztek és azok következményei.Voloshin S., Patel N. és Kesselheim AS: Álnegatív tesztek a SARS-CoV-2 fertőzés provokációjára és hatására. N. eng. J. Medicine. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS és Gourgoulianis, KI Álpozitív és álnegatív COVID-19 esetek: Légúti megelőzési és kezelési stratégiák, oltás és további perspektívák. Mouliou, DS és Gourgoulianis, KI Álpozitív és álnegatív COVID-19 esetek: Légúti megelőzési és kezelési stratégiák, oltás és további perspektívák. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI. вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS és Gourgoulianis, KI. A COVID-19 álpozitív és álnegatív esetei: légúti megelőzési és kezelési stratégiák, oltás és a további teendők.Muliu, DS és Gurgulianis, KI A COVID-19 álpozitív és álnegatív esetei: stratégiák a légzőszervi betegségek megelőzésére és kezelésére, oltás és a továbblépési lépések. Expert Reverend Reverend. medicine. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. és Konstantinos, G. COVID-19 diagnózis a sürgősségi osztályon: Látni a fát, de elveszíteni az erdőt. Mouliou, DS, Ioannis, P. és Konstantinos, G. COVID-19 diagnózis a sürgősségi osztályon: Látni a fát, de elveszíteni az erdőt.Mouliou, DS, Ioannis, P. és Konstantinos, G. COVID-19 diagnózis a sürgősségi osztályon: Lásd meg a fát, veszítsd el az erdőt.Muliou DS, Ioannis P. és Konstantinos G. COVID-19 diagnózis a sürgősségi osztályokon: Nincs elég erdő a fáknak. Appear. medicine. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. és munkatársai. Az Abbott RealTime SARS-CoV-2 Assay analitikai és klinikai teljesítményének validálása és validálása. J. Clinical. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. és Aflatoonian, B. Öt primerkészlet összehasonlítása a COVID-19 különböző genomrégióiból a vírusfertőzés hagyományos RT-PCR-rel történő kimutatására. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. és Aflatoonian, B. A COVID-19 különböző genomrégióiból származó öt primerkészlet összehasonlítása a vírusfertőzés hagyományos RT-PCR-rel történő kimutatására.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. és Aflatunyan, B. A COVID-19 genom különböző régióiból származó öt primerkészlet összehasonlítása vírusfertőzés kimutatására hagyományos RT-PCR-rel. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. és Aflatoonian, B. A COVID-19 5 különböző genetikai régiójának összehasonlítása a vírusfertőzés hagyományos RT-PCR-rel történő kimutatása céljából.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. és Aflatunyan B. A COVID-19 genom különböző régióiból származó öt primerkészlet összehasonlítása vírusfertőzés kimutatására hagyományos RT-PCR-rel.Irán. J. Microbiology. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. és munkatársai. A SARS-CoV-2 genomszekvenciák kimutatására irányuló nemzeti külső minőségértékelési program előzetes eredményei. J. Clinical. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. és munkatársai. Öt RT-PCR készlet hatékonyságának analitikai értékelése súlyos akut légúti szindróma és koronavírus 2 esetén. J. Clinical. laboratory. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. és munkatársai. Hét, Kínában kereskedelmi forgalomban kapható SARS-CoV-2 RNS-kimutatási készlet értékelése valós idejű polimeráz láncreakció (PCR) alapján. klinikai. Kémiai. laboratóriumi. orvostudomány. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB és munkatársai. Hét kereskedelmi forgalomban kapható RT-PCR COVID-19 diagnosztikai készlet összehasonlítása. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu és munkatársai. Két PCR-készlet diagnosztikai teljesítményének összehasonlítása a SARS-CoV-2 nukleinsavak kimutatására. J. Clinical. Laboratory. Anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR stb. Négy SARS-CoV-2 nukleinsav-amplifikációs tesztelési (NAAT) platform összehasonlító vizsgálata kimutatta, hogy az ID NOW teljesítménye jelentősen romlott a betegtől és a minta típusától függően. diagnózis. mikrobiológia. Infect. diss. 99(1), 115200 (2021).
Abbott molekula. Abbott valós idejű SARS-CoV-2 analízis betegtájékoztató. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (2020. augusztus 10-i állapot szerint) (2020).
Klein, S. és munkatársai. SARS-CoV-2 RNS izolálása mágneses gyöngyökkel a gyors, nagyméretű kimutatáshoz RT-qPCR és RT-LAMP segítségével. Vírus 12(8), 863 (2020).